El Instituto Secular nació el año de 1959 en la mente del R.P. Fray Felipe de Jesús López, O.F.M., sacerdote religioso de la Orden Franciscana de la Provincia de Los Santos Francisco y Santiago. El Padre Fray Felipe tuvo la inspiración de reunir a un grupo de mujeres que se prepararan como maestras laicas, tanto en las ciencias humanas como en las divinas, a fin de que se introdujeran en las escuelas oficiales que impartían una educación atea, que ocasionaba que los alumnos se olvidaran de los principios cristianos heredados de sus padres.

El padre Fray Felipe pensó en fundar un Instituto Secular, aunque en ese tiempo no tenía idea clara de su estructura, ni de su organización. Y así este Instituto comenzó al estilo de las Congregaciones Religiosas, reuniendo a un grupo de mujeres que se formaron en un Instituto Religioso, tomando la formación básica de ellas. De esta manera fue que, en sus principios, tuvo el Instituto la estructura de Congregación Religiosa. Después de diez años, comenzó la búsqueda de su verdadera organización secular, que se ha ido aclarando a partir de la publicación del actual Código de Derecho Canónico y la interacción con otros Institutos Seculares.